โรงเรียนปัญญาวรคุณ ดำเนินการจัดการเรียนการสอนในสถานการณ์การแพร่ระบาดของ โรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (COVID-19) โดยทุกเช้าคุณครูที่ปรึกษาจะพูดคุยและเตรียมความพร้อมนักเรียนด้วย กิจกรรม Homeroom จากนั้นนักเรียนเข้าเรียนตามตารางเรียนปกติ และทางโรงเรียนมีการกำกับติดตามผลการจัดการเรียนการสอนอย่างใกล้ชิด